| ［1］ |
Simonetto DA，Liu M，Kamath PS. Portal Hypertension and Related Complications： Diagnosis and Management［J］. Mayo Clin Proc，2019，94（4）： 714-726.
|
| ［2］ |
Ginès P，Krag A，Abraldes JG，et al. Liver cirrhosis［J］. Lancet，2021，398（10308）： 1359-1376.
|
| ［3］ |
中华医学会消化病学分会消化微创介入协作组，唐承薇，张春清.经颈静脉肝内门体静脉分流术治疗门静脉高压专家共识［J］. 胃肠病学，2023，28（6）： 344-363.
|
| ［4］ |
Boike JR，Thornburg BG，Asrani SK，et al. North American Practice-Based Recommendations for Transjugular Intrahepatic Portosystemic Shunts in Portal Hypertension［J］. Clin Gastroenterol Hepatol，2022，20（8）： 1636-1662. e36.
|
| ［5］ |
de Franchis R，Bosch J，Garcia-Tsao G，et al. Baveno VII-Renewing consensus in portal hypertension［J］. J Hepatol，2022，76（4）： 959-974.
|
| ［6］ |
Tripathi A，Debelius J，Brenner DA，et al. The gut-liver axis and the intersection with the microbiome［J］. Nat Rev Gastroenterol Hepatol，2018，15（7）： 397-411.
|
| ［7］ |
Bajaj JS，Shamsaddini A，Fagan A，et al. Distinct gut microbial compositional and functional changes associated with impaired inhibitory control in patients with cirrhosis［J］. Gut Microbes，2021，13（1）： 1953247.
|
| ［8］ |
Huang L，Yu Q，Peng H，et al. Alterations of gut microbiome and effects of probiotic therapy in patients with liver cirrhosis： A systematic review and meta-analysis［J］. Medicine（Baltimore），2022，101（51）： e32335.
|
| ［9］ |
Jinato T，Sikaroodi M，Fagan A，et al. Alterations in gut virome are associated with cognitive function and minimal hepatic encephalopathy cross-sectionally and longitudinally in cirrhosis［J］. Gut Microbes，2023，15（2）： 2288168.
|
| ［10］ |
Swilling D，Patel A，Jesudian AB，et al. Impact of Transjugular Intrahepatic Shunt Creation on the Gut Microbiota［J］. J Vasc Interv Radiol，2024，35（3）： 469-472. e1.
|
| ［11］ |
Zhang H，Gao J. Antibiotics and probiotics on hepatic venous pressure gradient in cirrhosis： A systematic review and a meta-analysis［J］. PLoS One，2022，17（8）： e0273231.
|
| ［12］ |
Heller T，Herlemann D，Plieth A，et al. Liver cirrhosis and antibiotic therapy but not TIPS application leads to a shift of the intestinal bacterial communities： A controlled，prospective study［J］. J Dig Dis，2024，25（3）： 200-208.
|
| ［13］ |
Li D，Liu CM，Luo R，et al. MEGAHIT： an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph［J］. Bioinformatics，2015，31（10）： 1674-6.
|
| ［14］ |
Zhu W，Lomsadze A，Borodovsky M. Ab initio gene identification in metagenomic sequences［J］. Nucleic Acids Res，2010，38（12）： e132.
|
| ［15］ |
Fu L，Niu B，Zhu Z，et al. CD-HIT： accelerated for clustering the next-generation sequencing data［J］. Bioinformatics，2012，28（23）：3150-2.
|
| ［16］ |
Patro R，Duggal G，Love MI，et al. Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression［J］. Nat Methods，2017，14（4）： 417-419.
|
| ［17］ |
Buchfink B，Xie C，Huson DH. Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND［J］. Nat Methods，2015，12（1）： 59-60.
|
| ［18］ |
Huerta-Cepas J，Szklarczyk D，Heller D，et al. eggNOG 5. 0： a hierarchical，functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses［J］. Nucleic Acids Res，2019，47（D1）： D309-D314.
|
| ［19］ |
Kanehisa M，Goto S. KEGG： kyoto encyclopedia of genes and genomes［J］. Nucleic Acids Res，2000，28（1）： 27-30.
|
| ［20］ |
Pal C，Bengtsson-Palme J，Rensing C，et al. BacMet： antibacterial biocide and metal resistance genes database［J］. Nucleic Acids Res，2014，42（Database issue）： D737-D743.
|
| ［21］ |
Jia B，Raphenya AR，Alcock B，et al. CARD 2017： expansion and model-centric curation of the comprehensive antibiotic resistance database［J］. Nucleic Acids Res，2017，45（D1）： D566-D573.
|
| ［22］ |
Galperin MY，Makarova KS，Wolf YI，et al. Expanded microbial genome coverage and improved protein family annotation in the COG database［J］. Nucleic Acids Res，2015，43（Database issue）：D261-D269.
|
| ［23］ |
Lombard V，Golaconda Ramulu H，Drula E，et al. The carbohydrate-active enzymes database（CAZy） in 2013［J］. Nucleic Acids Res，2014，42（Database issue）： D490-D495.
|
| ［24］ |
Poux S，Arighi CN，Magrane M，et al. On expert curation and scalability： UniProtKB/Swiss-Prot as a case study［J］. Bioinformatics，2017，33（21）： 3454-3460.
|
| ［25］ |
李萌浩，李凯，汤世豪，等. 轻微肝性脑病患者经颈静脉肝内门体分流术后不同预后组肠道菌群的变化［J］. 临床肝胆病杂志，2021，37（2）： 326-330.
|
| ［26］ |
苏红. 基于宏基因组学揭示大黄靶向肠道菌群改善创伤性脑损伤［D］. 长沙： 中南大学，2023.
|
| ［27］ |
Bajaj JS，Hylemon PB，Ridlon JM，et al. Colonic mucosal microbiome differs from stool microbiome in cirrhosis and hepatic encephalopathy and is linked to cognition and inflammation［J］. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol，2012，303（6）： G675-85.
|
| ［28］ |
吴仲文，李兰娟，马伟杭，等. 肠道微生物定植抗力的新指标—— B/E 值［J］. 浙江预防医学，2000（7）： 4-5.
|
| ［29］ |
Arumugam M，Raes J，Pelletier E，et al. Enterotypes of the human gut microbiome［J］. Nature，2011，473（7346）： 174-80.
|
| ［30］ |
Shu W，Shanjian C，Jinpiao L，et al. Gut microbiota dysbiosis in patients with hepatitis B virus-related cirrhosis［J］. Ann Hepatol，2022，27（2）： 100676.
|
| ［31］ |
Wei X，Yan X，Zou D，et al. Abnormal fecal microbiota community and functions in patients with hepatitis B liver cirrhosis as revealed by a metagenomic approach［J］. BMC Gastroenterol，2013，13： 175.
|
| ［32］ |
Raja G，Gupta H，Gebru YA，et al. Recent Advances of Microbiome-Associated Metabolomics Profiling in Liver Disease：Principles，Mechanisms，and Applications［J］. Int J Mol Sci，2021，22（3）： 1160.
|
| ［33］ |
Kespohl M，Vachharajani N，Luu M，et al. The Microbial Metabolite Butyrate Induces Expression of Th1-Associated Factors in CD4（+） T Cells［J］. Front Immunol，2017，8： 1036.
|
| ［34］ |
Martin-Gallausiaux C，Marinelli L，Blottière HM，et al. SCFA：mechanisms and functional importance in the gut［J］. Proc Nutr Soc，2021，80（1）： 37-49.
|
| ［35］ |
魏晓，邹大阳，闫夏贝，等. 肝硬化患者肠道微生物代谢功能的宏基因组学研究［J］. 军事医学，2013（11）： 801-807.
|